1991 reiste Philipp Bonhoeffer zu seinem ersten medizinischen Einsatz nach Kenia. Er arbeitete an einem Projekt des World Laboratory mit: “Epidemiological Studies and Training of Staff for the Establishment of Local Units for Prevention and Treatment of Heart Diseases in African Countries” (Epidemiologische Studien und Fortbildung der Mitarbeiter, um lokale Möglichkeiten zur Vorbeugung und Therapie von Herzerkrankungen in afrikanischen Ländern zu schaffen) unter der Leitung von Prof. Lucio Parenzan.

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Philipp Bonhoeffer wurde gebeten, die diagnostische Seite des World Laboratory-Projekts zu erarbeiten und die Ärzte vor Ort darin zu schulen, die Diagnose durch Echokardiografie selbstständig vorzunehmen. So können sie die Patienten auswählen, die mit einer einfachen Operation vor Ort in Kenia behandelt werden können. Bonhoeffer organisierte Fortbildungen in der Echokardiografie-Diagnose, zu denen die Ärzte vor Ort ihre Patienten mitbrachten. Die Ärzte wurden Schritt für Schritt durch die Echokardiografie-Untersuchungen geführt, so dass sie im Verlauf der Fortbildung eine vollständige Diagnose stellen konnten. Innerhalb relativ kurzer Zeit konnte eine große Anzahl von Patienten mit operablen Herzerkrankungen ermittelt werden. Doch auf diese positive Erfahrung folgten schon bald schwere Rückschläge. Das Budget des World Laboratory war auf die Weiterentwicklung der Kardiologie und der Herzchirurgie in Äquatorial-Afrika ausgerichtet. Es waren keine Mittel für die Versorgung der Patienten vorgesehen, besonders dann nicht, wenn diese im Ausland stattfinden musste. Die Ärzte in Kenia, Prof. Lucia Parenzan und Philipp Bonhoeffer hatten die Hoffnungen der Patienten geweckt, waren jetzt aber nicht in der Lage, Patienten zu helfen, die dringend einer ärztliche Behandlung bedurften.

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Durch das starke persönliche Engagement von Prof. Lucio Parenzan, dem italienischen Missionar Pater Antonio Giudici sowie Philipp Bonhoeffer und der kenianischen Ärzte konnten einige wenige Patienten in Italien behandelt werden. Davon profitierten natürlich zuerst die Patienten, es stärkte aber auch den Glauben an die Fortsetzung des kenianischen Schulungsprojekts.

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1992 brachte Dr. Jowi, eine der kenianischen Ärztinnen, einen kleinen Jungen mit zu einer Fortbildung, der unter einer Fallot-Tetralogie litt und viele Monate stationär im „Kenyatta Hospital“ in Nairobi behandelt worden war. Die gesundheitliche Verfassung des Jungen war schlecht, er litt unter ständigen lebensbedrohlichen anoxischen Anfällen. Die Diagnose durch die Echokardiografie während der Fortbildung zeigte eine unkomplizierte Form der Tetralogie. Wenn der Junge lebend ein Herzzentrum erreichen würde, hätte er eine hervorragende Prognose, die Operation zu überleben, und konnte auf eine langfristig verbesserte Lebensqualität hoffen. Dr. Jowi bat Prof. Parenzan und Philipp Bonhoeffer, den Jungen für eine Operation in Bergamo in Erwägung zu ziehen.

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Innerhalb von einer Woche organisierten Dr. Jowi und Pater Antonio einen Pass und Reisedokumente für den Jungen. Philipp Bonhoeffer fand eine Gastfamilie in Italien, die auch bereit war, sich an den Reisekosten für den Jungen zu beteiligen, und Prof. Parenzan bereitete die Operation vor. Der Junge reiste allein von Nairobi nach Mailand.

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Er wurde am Tag seiner Ankunft als Notfall in das herzchirurgische Zentrum in Bergamo aufgenommen und am folgenden Tag von Prof. Lucio Parenzan operiert. Wie erwartet verlief die Operation komplikationslos, und nach seinem Krankenhausaufenthalt verbrachte der Junge einige Tage bei der Gastfamilie und flog dann nach Kenia zurück.

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Dr. Jowi bat ihren Patienten, zur nächsten Echokardiografie-Fortbildung in Nairobi zu kommen, um eine postoperative Echokardiografie-Diagnose vorzunehmen. Bei dieser Gelegenheit wollte der Vater des Jungen seine Dankbarkeit für die Rettung seines Kindes zeigen. Er brachte Geschenke für Dr. Jowi und Philipp Bonhoeffer mit, aber noch viel schwerer wog ein Geschenk, das die größtmögliche Geste der Dankbarkeit und des Respekts ausdrückte, die ein Afrikaner zeigen konnte. Er erklärte, dass er diese Geste mit seiner Frau und seinem Sohn besprochen hatte. Er sagte, dass er nicht in  der Lage gewesen sei, seinen Sohn am Leben zu erhalten, und dass es diesem durch die Hilfe von Philipp Bonhoeffer jetzt wieder so gut ging. Er hatte sich also entschieden, diesen erstgeborenen Sohn Philipp Bonhoeffer zu schenken. Der war sehr überrascht und sich der großen Ehre dieser Geste bewusst. Er antwortete, dass er diese große Ehre entgegennehmen und den Jungen von nun an als seinen eigenen Sohn betrachten würde, dass der Junge aber bei seiner Familie bleiben und aufwachsen sollte. Um dem Ereignis mehr Gewicht zu verleihen, entschied er sich, alle Kosten für die Ausbildung der Jungen zu übernehmen. Kurz danach wurde ein sechstes Kind in der Familie geboren. Das Kind wurde nach Philipp Bonhoeffer benannt: Es erhielt den Namen “Doctor”. Philipp Bonhoeffer schenkte der Familie zu diesem Anlass eine Kuh. Er besuchte die Familie oft in ihrem Dorf, wenn er in Kenia war, und daraus entstand eine enge, dauerhafte Freundschaft. Philipp Bonhoeffer entschied sich, auch die anderen Kinder dieser Familie in ihrer Ausbildung zu unterstützen.

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Philipp Bonhoeffers Liebe zu Afrika wuchs, und er engagierte sich mehr und mehr für die Echokardiografie-Fortbildungen. Doch die Mitglieder des Teams fühlten sich zunehmend unwohl mit der Tatsache, dass sie immer mehr Diagnosen vornehmen konnten, aber wenig Behandlungsmöglichkeiten existierten. Die Auswahl der Patienten wurde zu einer großen ethischen Herausforderung. Nur wenige Patienten boten wie der bereits erwähnte Junge die Kombination von schwerer Erkrankung mit guten Heilungschancen. Die Patienten, die die schwersten Symptome aufwiesen, litten häufig unter einer rheumatischen Herzerkrankung und waren keine vielversprechenden Kandidaten für die Operation, während das Risiko für diejenigen, denen es noch einigermaßen gut ging, gering war. An den Tagen, an denen die Entscheidungen getroffen wurden, kamen viele Familien zu Philipp Bonhoeffer, der ihnen mitteilen musste, dass er nichts für sie tun konnte. Einer kleinen Minderheit wurde Hoffnung auf eine Reise nach Italien gemacht. Für die Familien mit schwerkranken Kindern, die schlechte Nachrichten erhielten, war es unerträglich, dass diejenigen, die nicht so schwer krank schienen, vorrangig behandelt wurden. Tatsächlich kamen die meisten der schwerkranken Patienten für eine Operation in Frage, nur war das Risiko bei ihnen zu hoch – die Gefahr, dass Patienten bei dem Eingriff in Italien sterben könnten, war ein unüberwindliches Hindernis für eine Operation, auch beim allerbesten Willen aller am Projekt Beteiligten.

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Aus diesem und vielen anderen Gründen war es unabdingbar, Behandlungsmöglichkeiten in Kenia zu schaffen. Philipp Bonhoeffer, der damals noch ein sehr junger Kardiologe war, schlug vor, bei Patienten mit isolierter, angeborener pulmonaler Stenose eine pulmonale Dilatation vorzunehmen. Als dieses erfolgreiche Programm aufgenommen wurde, erwies es sich bald als sehr effektiv und führte zu der Dilatation der Mitralklappe mit dem MultiTrack-System, das Philipp Bonhoeffer entwickelt hatte, um eine kostensparende Therapie der Mitralklappenstenose zu ermöglichen – eine Erkrankung, die bei sozial Benachteiligten häufig vorkommt (siehe “Medizinische Innovationen” und “Das MultiTrack-System”). Während dieser Zeit weitete Philipp Bonhoeffer sein Engagement in Ostafrika aus und begann, ebenfalls in Uganda und Tansania zu arbeiten. Ihm wurde eine Professur an der Entebbe University in Uganda angeboten, und er verbrachte einmal drei und einmal vier Monate in Kenia.

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Philipp Bonhoeffer erwog ernsthaft, seine beruflichen Aktivitäten ganz nach Afrika zu verlegen, als sich unerwartet die Möglichkeit bot, Teil des kardiologischen Teams am renommierten „Hôpital Necker“ in Paris zu werden, das ihm spannende Möglichkeiten im klinischen und Forschungsbereich bot. Die Stelle in Paris wurde ihm von Prof. Daniel Sidi angeboten – auf Grundlage der Arbeit, die Philipp Bonhoeffer in Afrika geleistet hatte. Daniel Sidi war zu dieser Zeit mit der Entwicklung des „Heart Institute“ in Ho-Chi-Minh-Stadt in Vietnam unter der Leitung von Prof. Alain Carpentier beschäftigt. Auch Philipp Bonhoeffer engagierte sich für dieses Projekt.

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Von 1994 an erhielt Philipp Bonhoeffer Lizenzgebühren und Beratungshonorare von der Medizintechnik-Industrie. Ihm war bewusst, dass er dieses Einkommen hauptsächlich seiner innovativen Arbeit in Kenia zu verdanken hatte. Da er ein Einkommen in Paris bezog, fand er es angemessen, dass gewisse Gelder, die er durch seine Tätigkeit in Kenia erwirtschaftet hatte, auch in dieses Land zurückfließen sollten. Deshalb stellte er Mittel bereit, um junge Menschen bei ihrer Ausbildung zu unterstützen. Er begann mit der vorher erwähnten Familie, weitete seine Unterstützung aber nach und nach auf mehr Jungen und Mädchen aus. Mit der Zeit wurde ihm immer genauer bewusst, welche Form diese Art der Unterstützung haben sollte. Ihm wurde klar, dass es sinnlos war, einfach nur Geld zu spenden, und er erkannte, dass nur echtes persönliches Engagement für die Studenten ihnen eine erfolgreiche Ausbildung ermöglichte. Außerdem kam er zu der Überzeugung, dass zwar nur wenige Studenten ausgewählt werden sollten, dass aber deren Ausbildung unter allen Umständen bis zum Abschluss unterstützt werden musste – idealerweise, bis sie einen Job gefunden haben und unabhängig sind. Er wusste, dass das die Finanzplanung erschwerte, denn die Ausbildungskosten steigen mit dem Alter der Studenten. Er war dagegen, jüngere Schüler zu unterstützen, die dann im Anschluss kein Geld für den Besuch einer Universität haben würden, denn genau das war der Grund für die Frustration vieler junger Kenianer und gilt als eine Ursache für Kriminalität. Deshalb unterstützte Philipp Bonhoeffer Studenten zeitweise, die kurz vor dem Abschluss ihres Studiums finanzielle Probleme hatten. Er entschied, nur wenige jüngere Studenten zu fördern, denn diese begleitete er mit viel persönlichem Engagement durch ihr gesamtes Studium. Nach und nach aber war er einverstanden, acht Studenten durch ihre ganze Ausbildungszeit hindurch zu unterstützen.

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Philipp Bonhoeffer plante zusammen mit den Studenten und ihren Eltern, welche Schule oder Fakultät an der Universität diese ausgewählten Studenten besuchen sollten, und entwickelte auch zu den Eltern eine enge Beziehung, die immer noch hält. Ein Freundeskreis entstand, dem Philipp Bonhoeffer viel seiner Freizeit widmete, wenn er in Kenia arbeitete.