En 1991, Philipp Bonhoeffer s’est rendu pour sa première mission médicale au Kenya. Il a travaillé pour un projet dans le cadre du  « World Laboratories » intitulé  « Études épidémiologiques et formation du personnel pour la création d’unités locales pour la prévention et le traitement des maladies cardiaques dans les pays africains », sous la direction du Pr Lucio Parenzan.

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Philipp Bonhoeffer a été sollicité pour développer les outils de diagnostic dans le World Laboratory project, enseignant à des médecins locaux comment faire un diagnostic avec seulement l’échocardiographie pour être en mesure de sélectionner les patients pour les cas chirurgicaux simples qui pouvaient être traités localement au Kenya. En conséquence, il organisa des sessions de formation en échocardiographie au cours desquelles les médecins locaux amenaient leurs patients. Ces médecins étaient guidés au long des examens échographiques et un diagnostic complet des patients était obtenu pendant la formation. Dans un intervalle de temps relativement court, un grand nombre de patients porteurs de maladies opérables a été identifié. Néanmoins, cette expérience positive apporta bientôt des frustrations importantes. Le budget du World Laboratory avait été pensé pour le développement de la cardiologie et de la chirurgie cardiaque dans l’Afrique équatoriale. Il n’y avait aucun crédit alloué aux soins des patients, en particulier si ceux-ci devaient être effectués à l’étranger. Les médecins au Kenya, le Pr Lucio Parenzan et Philipp Bonhoeffer avaient fait naître des espoirs pour les patients, mais étaient incapables de fournir les traitements à ces patients très pauvres.

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Par l’engagement personnel énorme du Pr Lucio Parenzan, du Père Antonio Giudici, un missionnaire italien et de Philipp Bonhoeffer, ensembles avec les médecins du Kenya, des efforts furent faits pour fournir un traitement chirurgical pour quelques cas en Italie. C’était à l’évidence un bénéfice pour les patients, mais c’était aussi une aide morale pour continuer avec le projet d’enseignement.

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En 1992, le Dr Jowi (un médecin kényan) vint au cours avec un jeune garçon souffrant d’une tétralogie de Fallot qui avait passé de nombreux mois hospitalisé au Kenyatta Hospital à Nairobi. Le garçon était dans un état clinique misérable avec aucune espérance de vie a long term. Au cours de l’examen échographique effectué pendant le cours, le diagnostic de la forme régulière de la tétralogie fut posé. Si le garçon pouvait rejoindre un centre de chirurgie cardiaque vivant, il avait de grandes chances de pouvoir survivre à l’opération et un bon pronostic pour sa qualité de vie sur le long terme. Le Dr Jowi demanda au Pr Parenzan et à Philipp Bonhoeffer de tenter de l’envoyer à Bergame pour le faire opérer.

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En l’espace d’une semaine, le père du garçon, le Dr Jowi et le Père Antonio ont été capables d’organiser un passeport et les documents nécessaires au voyage pour le garçon. Philipp Bonhoeffer avait identifié une famille d’accueil en Italie qui était aussi volontaire pour contribuer aux frais du voyage pour le garçon et le Pr Parenzan avait organisé l’opération chirurgicale. Le garçon a voyagé seul de Nairobi à Milan.

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Le garçon a été admis en urgence dans le département de chirurgie cardiaque à Bergame le jour même de son arrivée et a été opéré le jour suivant par le Pr Lucio Parenzan. Comme attendu, l’opération s’est bien déroulée et après son séjour hospitalier, il passa quelques jours dans sa famille d’accueil avant de retourner au Kenya.

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A la prochaine session de formation en échocardiographie à Nairobi, le Dr Jowi demanda à son patient de revenir pour un contrôle échographique postopératoire. A cette occasion, le père de ce garçon voulait exprimer sa gratitude pour le sauvetage de son fils. Il apporta des cadeaux au Dr Jowi et à Philipp Bonhoeffer, mais plus important, il fit le geste de remerciements et de respect le plus grand qu’un africain puisse faire. Il déclara qu’il avait discuté avec sa femme et son fils. Il dit qu’il avait été incapable de garder son fils vivant et que c’était grâce à l’aide de Philipp Bonhoeffer que son fils allait bien maintenant. Il avait donc décidé de donner son fils aîné à Philipp Bonhoeffer. Ce dernier a été décontenancé et très touché par cet honneur immense. Il répondit qu’il acceptait cet énorme honneur et considérait à présent le garçon comme son fils, mais voulait qu’il reste dans sa famille où il avait grandi. Pour donner une signification à cet événement, il décida de porter toutes les dépenses reliées à l’éducation du garçon. Peu de temps après, un sixième enfant naquit dans cette famille. L’enfant fut nommé en hommage à Philipp Bonhoeffer, il a été appelé « Doctor ». Philipp Bonhoeffer offrit une vache à la famille pour cet événement. Quand il était au Kenya, Philipp Bonhoeffer rendit plusieurs fois visite à cette famille dans leur maison en campagne et une amitié très étroite et durable se développa. Philipp Bonhoeffer décida alors d’aider les autres enfants de cette famille en soutenant financièrement leurs études.

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Philipp Bonhoeffer développa un grand amour pour l’Afrique et s’est engagé de plus en plus dans les sessions de formation à l’échocardiographie.  Néanmoins, tout le monde dans le groupe se sentait mal à l’aise avec le fait que de plus en plus de patients étaient diagnostiqués, mais que peu de possibilités de traitement existaient. La sélection des patients représentait un défi éthique important. Peu de patients présentaient comme le garçon décrit précédemment une pathologie lourde avec une bonne perspective de rétablissement. Les patients avec des symptômes sévères, souvent des maladies cardiaques rhumatoïdes, étaient de très mauvais candidats pour la chirurgie, tandis que ceux qui allaient encore à peu près bien, avaient un profil de risque raisonnable. La décision sur les personnes à qui on offrirait la possibilité de se faire soigner en Italie se faisait après que tous les patients aient été examinés pendant la formation. Le jour de la décision, un grand nombre de famille venaient entendre de Philipp Bonhoeffer la mauvaise nouvelle que rien ne pouvait être fait pour eux. A une petite minorité, on donnait l’espoir qu’une action allait être mise en place pour essayer d’organiser un voyage en Italie. Pour les familles avec des enfants sévèrement touchés qui recevaient la mauvaise nouvelle, il était insupportable de voir que ceux qui n’apparaissaient pas être très malades, semblaient être avantagés. En fait, la plupart des patients sévèrement atteints étaient opérables, mais leur profil de risque était inacceptable car la gestion d’une mort sur la table d’opération en Italie aurait été insurmontable même avec la meilleure volonté de tous les participants au projet.

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Pour cette raison et bien d’autres encore, il est apparu impératif de développer les conditions de traitement au Kenya. Philipp Bonhoeffer, à l’époque toujours un très jeune cardiologue,  suggéra de commencer d’effectuer des dilatations de l’artère pulmonaire pour les patients atteints de sténose pulmonaire congénitale isolée. Alors que ce programme commençait avec succès, il eut un impact majeur et bientôt, il conduisit à la dilatation des valves mitrales avec le MultiTrack System que Philipp Bonhoeffer développa dans le but de trouver une manière peu coûteuse de traiter la sténose mitrale qui est une maladie typique des personnes désavantagées (voir Innovations médicales, le Multi-Track system). Pendant ce temps, Philipp Bonhoeffer devint de plus en plus actif en Afrique de l’est, il commença à travailler également en Ouganda et en Tanzanie. On lui proposa une bourse de professeur à l’Université d’Entebbe en Ouganda, et il passa deux périodes plus longues au Kenya de 3 et 4 mois respectivement.

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Philipp Bonhoeffer a sérieusement considéré de transférer ses activités professionnelles entièrement en Afrique lorsqu’il a été invité à l’improviste à rejoindre l’équipe de cardiologie du prestigieux hôpital Necker à Paris qui lui offrait d’intéressantes opportunités cliniques et de recherche. L’activité à Paris a été proposée à Philipp Bonhoeffer par le Pr Daniel Sidi qui connaissait le travail de Philipp Bonhoeffer effectué en Afrique. A cette époque, Daniel Sidi était impliqué dans le développement de l’Institut de Cardiologie de Ho Chi Minh Ville au Vietnam, une initiative du Pr Alain Carpentier. Plus tard, Philipp Bonhoeffer a également participé à ce projet.

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En 1994, Philipp Bonhoeffer commença à toucher quelques revenus complémentaires des redevances et activités de consultant pour l’industrie de matériels médicaux. Il était conscient du fait que ces revenus provenaient essentiellement de son travail innovant effectué au Kenya. Puisqu’il recevait un salaire à Paris, il lui est apparu approprié que certains fonds générés par ses activités au Kenya reviennent au bénéfice de ce pays. En conséquence, il a réservé des fonds pour aider des jeunes gens dans leur scolarité. Il a commencé avec la famille décrite plus haut, mais plus tard il a élargi son action à plus de garçons et filles. Avec le temps, il est devenu de plus en plus conscient sur la manière d’organiser de tels soutiens. Il a réalisé que donner de l’argent seulement ne faisait aucun sens, et que le véritable engagement personnel avec des étudiants était essentiel pour le succès de leurs études. De plus, il croyait que quelques étudiants devaient être choisis, , qu’ils devaient être soutenus quoiqu’il arrive suivis jusqu’à ce que leurs études soient terminées pour qu’idéalement ils aient trouvé un travail et soient indépendants. Il était conscient que cela rendait la planification financière difficile parce que les coûts des études augmentent avec l’âge des étudiants. Il était contre le financement des jeunes étudiants à l’école qui n’auraient pas pu continuer à l’université, car c’était une cause typique de frustration chez les jeunes au Kenya, et il est connu que cela amène à la délinquance. En conséquence, Philipp Bonhoeffer aidait les étudiants qui étaient en train de se battre pour le financement de leurs études universitaires à la fin de leur curriculum par des dons sporadiques. Il décida de prendre en charge que peu d’étudiants parce qu’il avait l’intention de les accompagner personnellement tout au long de leurs études. Néanmoins, avec le temps, il a fini par soutenir financièrement entièrement 8 étudiants pendant tous leurs cycles universitaires.

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La planification pour les étudiants du choix de leur école ou de leur faculté à l’université a été faite avec les étudiants et leurs parents avec lesquels Philipp Bonhoeffer avait également développé une relation étroite qui continue jusqu’à présent. Un cercle d’amis s’est ainsi développé dans lequel Philipp Bonhoeffer passait la plupart de son temps libre lorsqu’il travaillait au Kenya.